দেশের মাদরাসা শিক্ষক-কর্মচারীদের বেতন-ভাতা সংক্রান্ত জটিলতা দ্রুততম সময়ে নিরসনের লক্ষ্যে কার্যকর উদ্যোগ গ্রহণ করেছে সরকার।  ‘মাদরাসা এডুকেশন ম্যানেজমেন্ট অ্যান্ড ইনফরমেশন সিস্টেম (এমইএমআইএস) সাপোর্ট’ প্রকল্পের আওতায় নতুন করে ইলেকট্রনিক ফান্ড ট্রান্সফার (ইএফটি) কার্যক্রম অন্তর্ভুক্ত করায় খুব শিগগিরই এই সমস্যার স্থায়ী সমাধান হবে।